Считается, что это медресе было возведено в промежутке между 1568 и 1570 годом. Основным идеологом проекта выступил Кул-баба Кукельдаша, убитый в конце шестнадцатого века. Существует немало свидетельств, говорящих о многочисленных ремонтах и реконструкциях, проведённых в медресе. Активно работы велись с 1822 по 1842. Именно в это время город Ташкент стал частью Кокандский империи.
В начале 1930 года учебное заведение стало использоваться в качестве складских помещений, которые со временем переоборудовались в комнаты, где работали сотрудники различных госучреждений. Лишь в середине 1990 году было решено вернуть медресе его первоначальное предназначение. Решением местных властей медресе вернули религиозной общине.
К сожалению, длительный период советской власти не прошёл для этого памятника архитектуры бесследно. Большая часть всего внутреннего убранства медресе была утеряна. Лишь на входном портале медресе реставраторам удалось восстановить строчку из священной книги мусульман. Также они смогли восстановить небольшие надписи, размещавшиеся на правой и левой части башен медресе.
