Историки отмечают, что эта мечеть, которая когда-то была частью северной площади Регистан в центре Самарканда, теперь считается потерянной общине. Первые следы мечетей были обнаружены археологами в 2010 году в ходе реставрационных мероприятий в одной из ячеек медресе Улугбека. Археологи считают, что они нашли остатки мраморной плитки, принадлежащей мечеть Кучкун-хана.
В результате многолетних научных подходов было обнаружено, что почти вся эта мечеть была украшена картинами. Этот факт позволяет историкам говорить о реальной уникальности этого здания без аналогов. Время строительства мечети совпало с правилом щедрого хакана Абула Мансура Кучкунджи-хана, известного своей мудростью, справедливостью, защитой веры и щедрости.