Эта сакральная постройка была возведена в ташкентском районе Кукча, расположенном в исторической части города. Многочисленные документальные свидетельства говорят о том, что вся история мечети неразрывным образом связана с историей этой части Ташкента.
Мавзолей был построен в честь великого шейха Зайниддина. Зайниддин родился в 13-ом веке. Считается, что он прожил около ста лет. Он был автором многих произведений (духовных), а также мастером суфийского ордена. Различные легенды рассказывают, что родным отцом правителя Зайниддина являлся один из руководителей братства суфиев, которого звали Шихаб ад-дин Сухраварди. По этой причине он отправил своего сына в Ташкент, с целью распространения среди жителей Ташкента его идей. У стен Мавзолея была подземная келья, построенная приблизительно в 12-ом веке. Именно в ней Шейх проводил свои медитации. Это уединение длилось 40 дней. Шейх был похоронен на кладбище за воротами Кукчи (нынешняя территория Ташкента).
Также на территории Мавзолей есть проход, который датируется 14 веком. Мавзолей Шейха Зайниддина был возведен в 16-ом веке. Затем, реконструирован в 19-ом веке. Уже в наши дни Мечеть была основательно отреставрирована.
