Als muslimische Hochschule hat die Medrese nach der Eroberung Zentralasiens durch den Islam vermutlich das buddhistische Vihara abgelöst. Sie wurde zu einem wichtigen Fundament für die Verbreitung der Lehre Mohammeds in Mawarannahr. d. h. in Transoxanien. Anfangs waren es die Moscheen, wo Lehrende und Lernende sich versammelten, um die Grundlagen des Islam zu erarbeiten und sich in der Interpretation des Koran zu üben. Erst später wurden diese ursprünglich rein theologischen Hochschulen dann weiter ausgebaut, indem auch allgemeinwissenschaftliche Fächer wie Literatur und Rechtswissenschaft, Medizin, Mathematik und Astronomie hinzutraten.
In Zentralasien bestanden diese Hochschulen meist aus einem Gebäude, das einen rechteckigen oder quadratischen Innenhof umfasste und neben den für den Unterricht erforderlichen Hörsälen auch die Wohnungen (Zellen) für die Studenten enthielt. Im Allgemeinen waren diese in zwei Stockwerken angeordnet, wobei die Fenster und Türen der Zellen nur zum Hof hin zu öffnen waren. Die vier zum Hof ausgerichteten Seiten der Medrese (oder aber nur der vordere und rückwärtige Gebäudetrakt) enthielten einen gewölbten Iwan (Vier-Iwan-Anlage), ebenso auch die Außenfront des Eingangsgebäudes, das auf diese Weise oft in einem einzigen Prachtportal gipfelte. Unterstrichen wurde die Bedeutung einer Medrese, die neben der Moschee der wichtigste Sakralbau des Islam war, durch Schmuckminarette, die an zwei oder an vier Ecken platziert wurden. In den Eckraumen größerer Medresen befanden sich zusätzlich nicht selten eigenständige, aber doch geschickt in die Gesamtanlage integrierte Bauwerke: eine Moschee oder ein Mausoleum, die Ruhestätte eines bedeutenden Gelehrten oder Stifters.
Gerade die in Zentralasien erhaltenen, z.T. hervorragend restaurierten Medresen sind architektonische Meisterleistungen aus mehreren Jahrhunderten und gleichzeitig ein Zeugnis für die Bedeutung, die der wissenschaftlichen, insbesondere der theologischen Ausbildung im Islam beigemessen wurde. Da die unter den Seldschuken (beispielsweise in Merw) errichteten Medresen den Mongolen-Angriffen zum Opfer gefallen waren, sind es heute die timuridischen Bauwerke, die zweifellos einen Höhepunkt im Entwicklungsprozess zentralasiatischer Baukunst darstellen. Auffallend ist nämlich, dass sich die späteren Hochschulbauten weitestgehend an die traditionellen (bewahrten) Vorbilder anlehnten und sich – wenn überhaupt – nur durch dekorative Stilelemente unterschieden (Registan in Samarkand). Unter den Statten des Islam in Zentralasien sind insbesondere die folgenden Medresen beachtenswert: