Ebenfalls nicht unerwähnt bleiben dürfen die herrlichen Buchmalereien, die Miniaturen und Handschriften, obgleich der größte Teil dieser besonderen Kunstwerke den Wirren der Zeit zum Opfer gefallen ist. Berühmt geworden sind insbesondere die prachtvollen Miniaturen zu Rudakis «Kalila und Dimna» und die fantastisch illustrierte, großformatige Ausgabe des «Schah-name», Ferdausis «Königsbuch». Aus verschiedenen Berichten ist bekannt, dass Timur im Zuge seines Leiturgie-Systems auch Buchmaler nach Samarkand geholt und mit Auftragen bedacht hat. Ob es aber in seiner Hauptstadt auch eine eigene Malschule gegeben hat, konnte bis heute noch nicht eindeutig nachgewiesen werden. Timurs Sohn Schahruch jedoch und dessen Sohn Baisonkur – beide große Liebhaber der Buchmalerei – beschäftigten eine große Zahl von Kalligraphen, Illuminatoren und Einbandkunstlern und gründeten sogar an ihrem Palast eine eigene Kunstakademie.
Handschriften und Miniaturen aus dem 16. Jh. beweisen, dass auch unter den Schaibaniden in Buchara eine bedeutende Malschule existierte, an der die berühmten Künstler aus Herat, die nach Buchara deportiert worden waren, die Tradition der Timuriden mit großem Erfolg fort führten und Buchillustrationen sowie Einzelblätter anfertigten Miniaturen, die heute zu den schönsten des Orients gerechnet werden dürfen. Aber bereits mit dem ausgehenden 16. Jh. nahm die Zahl der in der Herat-Buchara-Malschule hergestellten Miniaturen sehr rasch ab – die Dschaniden hatten in Buchara die Macht an sich gerissen, und es begann eine Zeit des kulturellen Niedergangs. Herrliche Originale von Buchara-Miniaturen befinden sich heute u.a. in Paris (Bibliotheque Nationale), Oxford (Bodleian Library), Dublin (Chester Beatty Library) sowie in Krakau und Taschkent. Handgemalte Kopien alter Miniaturen, die ihren großen Vorbildern an Präzision und Leuchtkraft keines